Die Große Auslöschung war in der Hintergrundgeschichte von Horizon Zero Dawn zusammengefasst die völlige Vernichtung des Lebens auf der Erde innerhalb von dreieinhalb Jahren bis hinunter auf die mikrobakterielle Ebene. Sie begann 2064 und endete 2068. Die große Auslöschung bedeutete den Untergang der Zivilisation der Alten und auch das Ende der Menschheit.
Ausgelöst wurde diese Apokalypse durch die Roboter der Chariot-Linie, einer als "Friedenswächter" bezeichneten Serie von Kampfrobotern, die in den Konflikten der späten 2050er-Jahre zum Einsatz kamen und in allen Roboterflotten der großen Nationen und Konzerne die Truppen stellten.
Mitte 2064 verweigerte der Hartz-Timor-Schwarm nach einem Einsatz im Südpazifik aufgrund eines Fehlers die Deaktivierungsbefehle, trennte die Kommandokette und begann, sich selbst unkontrolliert zu vergrößern. Möglich wurde dies durch die Fähigkeit der Chariots zur Selbstreplikation. Um ihren Treibstoffbedarf zu decken, wandelten die Roboter mittels ihres für Notfälle gedachten Biomasse-Konversionssystems alle erreichbare Biomasse in Treibstoff um. Die bald nur noch Faro-Plage genannten Roboter fraßen die Biosphäre in ihrer Reichweite praktisch auf. Berechnungen Ende Oktober 2064 kamen zu dem Ergebnis, dass der Schwarm innerhalb von maximal 15 Monaten die Erde komplett kahl fressen und die Menschheit dabei auslöschen würde.
Schon im November 2064 war klar, dass der Schwarm militärisch nicht zu stoppen war. Die Menschheit leistete dennoch mit Operation Enduring Victory erbitterten Widerstand und focht einen totalen Krieg, in dem Milliarden den Tod fanden. Da die völlige Vernichtung und das Ende allen Lebens nicht zu verhindern war, nahmen die Menschen ebenfalls keine Rücksicht auf irgendwelche Langzeitfolgen und die Kämpfe selbst wurden mit allen Mitteln geführt. Bereits Ende 2065 kollabierte durch die Schadstoffbelastung und den fortschreitenden Abbau der Biosphäre die Atmosphäre, wodurch jedes ungeschützte höhere, auf Atemluft angewiesene Leben endete. Im Januar 2066 brach der letzte menschliche Widerstand zusammen. Vor ihrem Untergang hatten die Alten indes mit Projekt Zero Dawn ihre gesamte Hoffnung auf einen maschinengesteuerten Neubeginn gelegt und das Gaia-Terraformingsystem nach 14 Monaten harter Arbeit nur Stunden vor dem endgültigen Zusammenbruch online gebracht.
Die Auslöschung ging noch bis 2068 weiter, erst zu diesem Zeitpunkt hatten die Roboter auch noch das letzte bisschen erreichbare Biomasse in den Meeren oder in bakterieller Form verzehrt. Ihrer Treibstoffquelle beraubt, fielen die Roboter programmgemäß in eine Art Winterschlaf, um auf Nachschub zu warten.
Der Großen Auslöschung folgten fünf Jahrzehnte, in denen die Erde ein toter, vergifteter Felsen mit einer zerstörten Atmosphäre war, ehe Gaia gemäß ihrer Bestimmung die Faro-Plage kryptografisch besiegte und mit dem langsamen Wiederaufbau beginnen konnte. Dieser wiederum sollte noch über zwei Jahrhunderte in Anspruch nehmen.