"Apollo: das Archiv unseres Wissens und unserer kulturellen Errungenschaften, durch das sie von uns erfahren werden... der Welt... und am Wichtigsten: von Fehlern, die wir gemacht haben." Elisabet Sobeck
Das Apollo-Archiv ist eine gewaltige Datenbank, die angesichts der bevorstehenden Auslöschung der Menschheit durch die Faro-Plage in nur etwas mehr als einem Jahr als Teil von Projekt Zero Dawn aufgebaut wurde.
Das Ziel war, zehntausende Jahre menschlicher Entwicklung so zu sichern, dass sie die Apokalypse überstehen und im Anschluss einer neuen Generation von Menschen zur Verfügung stehen würde. Dadurch sollte ein Rückfall in ein "dunkles Zeitalter" vermieden werden, ebenso die Wiederholung all der Fehler, die die Menschheit auf ihrem Weg zur Hochtechnologiezivilisation der "Alten" gemacht hatte.
Dafür waren insgesamt 180 Millionen Einträge aus allen nur denkbaren kulturellen, medizinischen und naturwissenschaftlichen Bereichen in Englisch, Spanisch, Arabisch und Mandarin geplant, 42 Zetabyte an Daten, ein gewaltiger Schatz an Wissen. Als Speichermedium diente nach zahlreichen Experimenten und Tests schließlich künstliche fossile DNA - alle anderen Speichermedien besaßen nicht die erforderliche Haltbarkeit.
Unter der Leitung von Doktor Samina Ebadji wurde die Datenbank - genau wie die dazu gehörende Apollo-Subroutine - in Rekordzeit zusammengestellt, wobei allerdings jeder Eintrag sorgfältig auf seine Relevanz geprüft wurde. So lehnte Ebadji relativ schnell alle Eingaben von Travis Tate generell ab, weil sie der Meinung war, dass Splatter-, Gore- und sonstige gewaltverherrlichende Medien nicht zum bewahrenswerten Teil des menschlichen Wissens gehörten.
Eine Kopie der Alpha-Version des Archivs wurde der Odyssey zur Verfügung gestellt, im Austausch für die Invitro-Technologie von Far Zenith. Diese Kopie unterscheidet sich von der finalen Version dahingehend, dass alle danach noch hinzugefügten Einträge fehlen. Dennoch enthielt diese Kopie alle wirklich wichtigen Einträge.
Nachdem die Faro-Plage die letzten menschlichen Verteidiger überrannt und vernichtet hatte, löschte der inzwischen wahnsinnig gewordene Ted Faro alle vorhandenen Kopien des Archivs, und rechtfertigte das damit, dass das Wissen der Alten eine Krankheit darstellen würde, mit der die "unschuldige" neue Menschheit infiziert würde. In Wahrheit war diese Entscheidung wahrscheinlich maßgeblich von seinem immer mehr ausufernden Gottkomplex beeinflusst, durch den er sich als eine Art höheres Wesen sah, dem es vorherbestimmt war, die neue Menschheit auf einem "besseren Weg" anzuleiten. Es ist unwahrscheinlich, dass Faro das Archiv dabei physisch löschte, denn dazu hätte er die praktisch unzerstörbare fossile DNA irgendwie aus der Ferne zerstören müssen. Wahrscheinlicher ist, dass er lediglich die Zugriffsroutinen löschte - was auch erklären würde, warum er direkt im Anschluss die Alphas im Gaia Prime Bunker tötete, was eigentlich nur Sinn macht, wenn die Möglichkeit bestand, dass diese seine Tat rückgängig hätten machen können. Egal wie, er verhinderte damit, dass die neuen Menschen, die etwa 300 Jahre später die Ursprungsanlagen verließen, über mehr verfügten als Kindergartenwissen.
Mit der Rückkehr der Odyssey knapp 1000 Jahre nach der Auslöschung und der Niederlage der Zenither gelangte die Alpha-Kopie des Archivs zurück auf die Erde.