Direkt nach dem Sieg über Hades und die Eklipse verlässt Aloy Meridian im Schutz des allgemeinen Freudentaumels, sehr zur Enttäuschung ihrer Freunde und Verbündeten. Entschlossen, ihre Mission ohne Verzögerung fortzusetzen, ist Aloy genau so entschlossen, ihre Freunde nicht in Gefahr zu bringen und ihre Mission allein zu erledigen - eine Folge ihres Lebens als Ausgestoßene, in dem sie ebenfalls auf sich gestellt war.
Die letzte Spur
Varl jedoch heftet sich an ihre Fersen und verfolgt sie hartnäckig, ohne sie zunächst einholen zu können. In den nächsten Monaten erkundet Aloy auf sich gestellt Hinweis auf Hinweis nach einem Backup der Gaia-Super-KI, ohne das eine Reparatur des Gaia-Terraformingsystems unmöglich ist. Doch alle Spuren führen ins Leere, schließlich bleibt nur noch eine mögliche Quelle: die Zentrale von Far Zenith, einer Denkfabrik der Alten. Am Eingang zum Ruinengelände holt Varl Aloy schließlich ein und beharrt darauf, ihr zu helfen. Als ihr klar wird, dass er sich nicht davon abbringen lässt, gibt ihm Aloy einen Fokus, damit er sehen kann, was sie sieht. Bei der Erkundung der Ruinen weist sie ihn in die Nutzung des Geräts ein, zusammen entdecken sie Daten über die letztlich an der Verschlagenheit Far Zeniths gescheiterte Zusammenarbeit mit Zero Dawn, Far Zeniths wahre Pläne mit dem Weltraum-Kolonieschiff Odyssey und ein Backup von Gaia, das sich zu Aloys Enttäuschung als Täuschung und Logikbombe entpuppt, geschaffen von Travis Tate als Vergeltung für Far Zeniths Versuch, eine Kopie Gaias zu stehlen.
Rückkehr nach Meridian
Bar aller brauchbaren Optionen und auch Ressourcen kehrt Aloy mit Varl nach Meridian zurück, in der Hoffnung, neue Hinweise zu finden. Hier findet schließlich statt, was sie vermeiden wollte: Alle ihre Freunde, Sonnenkönig Avad voran, lassen sich die Gelegenheit nicht entgehen, sie für ihre Rolle in der Schlacht um Meridian zu ehren. Von Avad erhält sie einen neuen Speer, da ihr alter weiterhin in der Hades-Sensorkugel an der Spitze steckt. Von Maran erfährt sie, dass einige Zeit nach ihrem Aufbruch ein seltsames Leuchten von der Spitze ausging. Daraufhin macht sich Aloy sofort auf, diesen Vorfall zu untersuchen. Sie entdeckt bei der Untersuchung ihrer alten Lanze ein darin verborgenes Programm, das der Spitze einen Übertragungsbefehl übermittelte. Um dessen Zweck zu ergründen erklimmt sie die Spitze, um diese zu überbrücken und dadurch weitere Informationen zu erlangen. Oben angekommen, wartet eine unangenehme Überraschung auf Aloy: Sylens nimmt nach erfolgreicher Überbrückung mit ihr Kontakt auf und bestätigt ihr, was sie schon befürchtet - er hat sie hintergangen und heimlich dafür gesorgt, dass Hades nicht gelöscht, sondern von der Spitze im letzten Moment gen Westen gesandt wurde, wo er die KI eingefangen und verhört hat. Sylens fordert sie auf, sich mit ihm im Verbotenen Westen zu treffen, damit er ihr zeigen kann, was er erfahren hat, während sie aus seiner Sicht planlos Eventualitäten hinterher gejagt ist und lediglich Zeit verschwendet hat.
Die Gesandschaft
Da Aloy die Erlaubnis der Tenakth braucht, um deren Territorium im Verbotenen Westen betreten zu können, muss sie notgedrungen auf eine Carja-Gesandschaft warten, die gerade im Begriff ist, sich an der Grenzfestung Fahllicht mit Repräsentanten der Tenakth zu treffen, um die durch die Roten Raubzüge nach wie vor fragilen Beziehungen zu vertiefen und einen Austausch vorzunehmen. Wieder macht sie sich insgeheim davon, damit Varl ihr nicht folgt. Das geplante Treffen bei Fahllicht verzögert sich jedoch, da Dornrücken im Schrecken wüten. Deswegen weigert sich der Gesandte, Sonnenpriester Vuadis, den Schrecken zu durchqueren. Aloy muss also zunächst der Ursache für den Maschinenangriff herausfinden und die Maschinen zerstören. Hierbei trifft sie erneut auf Erend, der ebenfalls hier ist, um im Auftrag Avads für Sicherheit zu sorgen. In Kettenkratz trifft sie zudem (abhängig von ihren Entscheidungen in HZD: erneut) auf die Oseram Petra, die sie in die lokale Politik einweist - Politik, die mit dem Maschinenangriff zu tun hat, wie sich schließlich heraus stellt. Nachdem Aloy die lokalen Intrigen durchdrungen und die Dornrücken zerstört hat, bequemt sich schließlich auch Vuadis zur Grenzfestung, vor deren Tor das Treffen stattfinden soll. Als es erneut zu massiven Verzögerungen zu kommen droht, weil nur zwei der drei Klans anwesend sind, setzt sich Aloy sichtlich genervt über das steife Protokoll hinweg. Als sie zum Tor stürmt, schließt Varl erneut zu ihr auf, der sich weiterhin nicht abwimmeln lässt - und selbst genau wie Erend gefrustet ist, dass Aloy so hartnäckig versucht, immer alles im Alleingang zu regeln.
Regallas Angriff
Das Treffen zwischen den Carja und den Tenakth-Marshalls, das zunächst einen verhaltenen, aber hoffnungsvollen Verlauf nimmt, endet in einer Katastrophe: Überraschend taucht eine feindliche Streitmacht unter Führung der Tenakth Regalla auf. Regalla erklärt die anwesenden Marshalls zu Verrätern an den Tenakth, die sich mit dem Feind eingelassen haben, und ihre Truppen metzeln die Gesandten in einer erbitterten Schlacht nieder. Auch Sonnenpriester Vuadis, Festungskommandant Nozar und Marshall Fashav, der Aloy zuvor noch die Erlaubnis zur Reise durch das Tenakth-Territorium gab, werden getötet, die Carja-Soldaten auf den Wällen müssen hilflos zusehen. Schließlich sind nur noch Aloy und Varl am Leben, woraufhin Gudda, einer von Regallas Champions, eine Herausforderung zum Zweikampf ausspricht. Aloy schafft es nach hartem Kampf, Gudda zu besiegen, woraufhin Regalla, die ihr eigentliches Ziel bereits erreicht hat, Aloys persönlichen Sieg anerkennt und ihre Truppen zurückzieht.
Auf in den Westen
Da Varl verletzt ist, macht sich Aloy zunächst allein auf in den Westen, um Sylens zu treffen. Am Wrack eines Horus-Titanen folgt sie den Spuren, die sie nach Latopolis führen, eine alte Anlage von Projekt: Zero Dawn. Hier findet sie in einer weiteren Sensorkugel den im Zerfall befindlichen Hades, der von Sylens gefoltert und verhört wurde. Aloy beendet die Existenz der Subroutine, diesmal endgültig, nachdem sie versucht, noch möglichst viel zu erfahren, was größtenteils an Hades schweren Programmschäden scheitert. Im Anschluss nimmt Sylens erneut Kontakt zu ihr auf, äußert sich enttäuscht über ihren mangelnden Fortschritt und fordert die stinkwütende Aloy auf, zur Abwechslung endlich etwas Sinnvolles zu tun - beispielsweise die Tür vor ihr zu öffnen, hinter der sich seinen Informationen zufolge eine Kopie Gaias befindet.
Latopolis
Da Sylens Information den einzigen brauchbaren Hinweis darstellt, entscheidet sich Aloy - widerwillig aufgrund seiner vorangegangenen Täuschung - diesem Hinweis nachzugehen. Dafür muss sich sich einen Weg durch die Ruinen der riesigen Latopolis-Anlage bahnen. Sie findet Daten, die ihr verraten, dass hier einst Hades getestet wurde, vor allem seine Fähigkeit, Gaia in den Hintergrund zu drängen - dazu wurde eine Kopie von Gaia genutzt. Zudem war die Anlage aus Sicherheitsgründen komplett abgeschirmt und ohne Verbindung zur Außenwelt, ein Zugriff von Außen somit nicht möglich.
In einem noch einmal extra gesicherten Bereich hat Aloy tatsächlich Erfolg - sie findet nicht nur eine, sondern gleich zwei Kopien von Gaia. Allerdings handelt es sich lediglich um das Kernprogramm - alle Subroutinen fehlen, was einen Rückschlag darstellt. Im nächsten Moment verraten Geräusche an der Tür, dass jemand versucht, diese zu öffnen. Sylens offenbart Aloy, dass er ein Signal ausgesandt hat, dass die Unbekannten hergelockt hat und er fordert Aloy auf, sich nicht zu wehren und zu tun, was diese wollen. Außer sich vor Zorn zerschmettert Aloy ihren von Sylens erneut kompromittierten Fokus und sucht nach einem Weg, aus der Kammer zu entkommen. Zu ihrer Überraschung öffnet sich die Panzertür plötzlich, als das System eine weitere Doktor Sobeck identifiziert. Aloy schafft es gerade noch, sich zu verstecken und sieht sich plötzlich sich selbst gegenüber - Beta, ein weiterer Klon von Elisabet Sobeck, betritt die Kammer, geschickt von ihren im Hintergrund wartenden Meistern. Als Beta die zweite Kopie Gaias entnimmt und dabei bemerkt, dass kurz zuvor bereits jemand auf das System zugegriffen hat, wird Aloy entdeckt. Die Unbekannten reagieren sofort feindlich - eine hochmoderne Kampfmaschine sichert Beta und der Anführer der Fremden verkündet bei Aloys Anblick, dass er kein Interesse an einer weiteren Sobeck hat und auf ihre Existenz verzichten kann. Er beauftragt seinen Begleiter Erik, Aloy zu töten, was dieser zu einem Spiel macht, da er durch einen persönlichen Schutzschild unangreifbar ist.
Aloy kann nur mit knapper Not entkommen, indem sie den spinnenähnlichen Datenspeicher zum Einsturz bringt, welcher den Boden der Kammer durchschlägt. Im Anschluss flüchtet Aloy durch die Ruinen von Latopolis, gejagt von Phantom-Kampfdrohen. Als eine Wand in der teilgefluteten Anlage zusammenbricht, wird Aloy von der Strömung unter Wasser gezogen und aus der Anlage gespült. Schwer verletzt und kaum bei Bewusstsein wird sie am Ufer angetrieben, wo der mittlerweile genesene Varl sie findet.
Bei den Utaru
Aloy erwacht zwei Tage später in einem kleinen Utaru-Dorf, der Erlebnisse in Latopolis haben indes ihren Tribut gefordert: Sie kann sich weiterhin nur unter starken Schmerzen bewegen und ist extrem geschwächt. Varl hat derweil Kontakte mit den Utaru geknüpft und Erkundigungen eingeholt. Die Utaru Zo hat ihm von einer heiligen Höhle berichtet, in der die Landgötter der Utaru - riesige Pflughörner, die die Felder um Reinklang bestellen - in regelmäßigen Zyklen verschwinden, um erneuert zurück zu kehren. Doch nun strömen gefährliche Kampfmaschinen aus der Höhle. Aloy und Varl, die darin das Wirken einer Brutstätte unter dem Einfluss von Hephaestus erkennen, wollen diese Höhle betreten, doch dafür muss der Chor der Utaru seine Erlaubnis geben. Zo, die Zeugin von Aloys Fähigkeiten bezüglich der Maschinen wird, als diese einen der Landgötter rettet, willigt ein, dabei zu helfen.
Dieser Plan wird überholt, als die Maschinen die Absperrungen durchbrechen. Aloy, Zo und Varl machen sich auf, die Höhle zu erkunden und die Quelle der Maschinen zu finden. Wie erwartet entdecken sie eine Brutstätte in den Tiefen der Höhle und Aloy gibt Zo einen Fokus, damit sie versteht, was darin geschieht. Zusammen durchqueren sie die Brutstätte, an deren Ende zu Zos Entsetzen einer der Landgötter gerade zu einer Kampfmaschine, einem Grimmhorn, umgebaut wird. Als die Maschine erwacht, bleibt ihnen keine Wahl - sie müssen gegen das Grimmhorn kämpfen und es zerstören. Die sichtlich erschütterte Zo will im Anschluss wissen, ob Aloy wirklich die Utaru retten kann, was Aloy bejaht. Der erste Schritt dahin besteht in der Überbrückung des Brutstätten-Kerns, wodurch Hephaestus vertrieben und die unmittelbare Gefahr gebannt wird.
Minerva und Gaia
Nach der Überbrückung des Kerns stellt sich heraus, dass hinter der Brutstätte eine weitere Anlage verborgen liegt, allerdings sind die Zugänge versperrt. Während Aloy sich ihren Weg durch Schächte, Korridore und über Felswände sucht, wird deutlich, dass sich Minerva, eine der Subroutinen Gaias, seit 20 Jahren in der Anlage versteckt. Die verwirrte und verängstige Subroutine versucht alles, um sich zu schützen, aber schließlich kann Aloy zum Kern vordringen. Sie versucht, die Subroutine davon zu überzeugen, ihr den Zugang zu gestatten, was Minerva in der Hoffnung, dass "das Elend enden wird", schließlich gestattet.
Durch den Zugriff auf Minerva kann Aloy das Gaia-Kernprogramm mit dieser verbinden, wodurch genug heuristische Matrix vorhanden ist, um einen Neustart zu versuchen. Dieser gelingt und vor Aloys Augen manifestiert sich Gaia als holografische Projektion. Zunächst identifiziert Gaia Aloy fälschlich als Doktor Elisabet Sobeck, nach einem Datenabgleich erkennt sie aber, dass sie es mit deren "zweiten Instanz" zu tun hat. Nach einem kurzen Gespräch weist Gaia darauf hin, dass bis zur vollständigen Initialisierung ihrer Systeme noch einige Minuten benötigt werden und lädt Aloy ein, derweil die Anlage zu erkunden, da diese - einst geplant als Regionales Kontrollzentrum Neun - die beste Option für eine permanente Basis darstelle. Außerdem gewährt Gaia sowohl Zo als auch Varl unbegrenzten Zutritt.
Aether, Demeter und Poseidon
Nach Gaias abgeschlossenem Neustart wird erstmals das Ausmaß der Fehlfunktionen deutlich, unter denen das Terraforming-System mittlerweile leidet. Gaia prognostiziert den Zusammenbruch der Biosphäre auf wenige Wochen, wenn es nicht gelingt, das System zu stabilisieren. Um die Schäden tatsächlich zu beseitigen, benötigt Gaia jedoch die Kontrolle über Hephaestus, allerdings ist diese Subroutine mittlerweile so verändert und stark, dass Gaias Kapazitäten nicht ausreichen, um Hephaestus zu bezwingen und zu reintegrieren. Außerdem lässt er sich zunächst nicht orten - im Gegensatz zu Poseidon, Aether und Demeter. Da die Kontrolle über diese drei Subroutinen Gaias Kapazitäten deutlich über den benötigten Umfang erhöhen würde, macht sich Aloy nun auf, diese drei Subroutinen zu beschaffen. Diese verbergen sich an drei verschiedenen Orten: Aether im Gedenkhain, dem höchsten Heiligtum der Tenakth, Poseidon in den Ruinen von Las Vegas, tief in der Wüste, und Demeter fern im Westen, im Treibhaus an der Küste des Pazifiks. Mit jeder dieser Subroutinen ist Gaia nach der Verschmelzung in der Lage, regional mehr Einfluss auf das System zu nehmen und so unter Anderem die immer häufigeren Superstürme abzumildern, das Wasser zu säubern und die Rotfäule zu bekämpfen.
Betas Seitenwechsel
Nachdem Aloy eine der drei Subroutinen beschafft hat, wird sie von Gaia über ein mysteriöses Notsignal informiert, das von Eleuthia, einer anderen Subroutine zu stammen scheint. Das Notsignal nennt lediglich Koordinaten, eine Zahl und warnt vor drohender Gefahr am Zielort. Zusammen mit Varl und dem mittlerweile ebenfalls in der Basis eingetroffenen Erend macht sich Aloy auf zur Nimad-Forschungsanlage, um dem Signal auf den Grund zu gehen. Am Ziel angekommen werden sie Zeuge, wie eine der mysteriösen Fremden gegen Tenakth-Rebellen kämpft und diese reihenweise ohne Mühen tötet, bis sie plötzlich von einer Waffe getroffen wird, die ihren Schutzschild ausschaltet. Von dieser plötzlichen Veränderung überrascht, wird sie vom letzten Rebellenkrieger getötet und reißt diesen mit in den Tod. Die Anti-Schutzschild-Waffe wird jedoch durch eine Fehlfunktion ebenfalls zerstört und die Explosion tötet die Bedienungsmannschaft.
In der Bergflanke entdeckt das Trio eine riesige Öffnung, die offenbar erst kurz zuvor geschaffen wurde. Aloy und Varl steigen hinab, um die Anlage am Ende der Röhre zu erkunden. In den Tiefen der Anlage stoßen sie zu ihrer Überraschung in einer Ektogenese-Kammer auf Beta, die sich von ihren Meistern abgewandt und zudem die zweite Kopie von Gaia entwendet hat. Kurz nach dieser Entdeckung landen weitere Phantom-Drohen und dringen in die Anlage ein, Aloy ist gezwungen, sich einer dieser Maschinen zu stellen, um Varl und Beta zu schützen. An der Oberfläche wartet der Kampf gegen ein weiteres Phantom, danach kehren Aloy, Varl und Erend mit der bewusstlosen Beta und den Resten der geheimnisvollen Anti-Schild-Waffe zur Basis zurück.
Nachdem sie wieder bei Bewusstsein ist, flippt Beta zunächst einmal komplett aus und schließt sich im Keller der Basis ein, da sie nicht gewohnt ist, längere Zeit außerhalb einer virtuellen Realität zu handeln - was sie aber durch den Einsatz eines Fokus kurieren kann. Anschließend flippt sie erneut aus, als sie erfährt, dass Aloy erst zwei Subroutinen geborgen hat - während die Fremden, die sie als die "Zenither" bezeichnet, bereits Eleuthia, Artemis und Apollo besitzen und auf der Jagd nach Hephaestus sind. Deren Pläne haben allerdings durch Betas Flucht einen Dämpfer erlitten - sie haben nun keinen Zugang mehr zu Zero-Dawn-Anlagen und auch das Gaia-Kernprogramm verloren. Das überzeugt Beta allerdings nicht, die nun, außer sich vor Angst vor den Zenithern, ihre Flucht als Fehler betrachtet und davon überzeugt ist, dass Aloy scheitern wird.
Beta informiert Aloy darüber, dass ihre Widersacher keine Nachfahren, sondern die ursprünglichen Mitglieder von Far Zenith sind, die es irgendwie geschafft haben, sich biologisch unsterblich zu machen. Sie berichtet auch davon, dass die Odyssey nicht wie angenommen zerstört wurde, sondern erfolgreich ins Sirius System reiste, wo Far Zenith eine Kolonie errichtete, die aber vor knapp 20 Jahren durch ein geologisches Ereignis zerstört wurde. Die Zenither sind nun laut Beta unter Führung Gerard Bieris auf die Erde zurück gekehrt, um den Planeten für sich - und nur sich - zu beanspruchen. Das passt zu Gaias Erkenntnissen, dass das Auslöschungssignal, das einst Hades aktivierte, nicht von der Erde stammte, sondern von Sirius.
Deutlich wird auch, dass Beta für die Zenither nicht mehr war als ein Werkzeug, eine Sklavin, mit der sie nach Lust und Laune verfahren sind und der sie alles beibrachten, was sie brauchte, um ihren Zweck zu erfüllen - aber kein bisschen mehr. Erschaffen an Bord der Odyssey und ausgebildet von holografischen Lehrern, verbachte Beta eine einsame Kindheit in totaler Isolation, lediglich unterbrochen von geheimen Kontaktaufnahmen durch Tilda van der Meer, die einzige Zenitherin, die so etwas wie Interesse Beta gegenüber zeigte, und Misshandlungen durch Eric Visser, der seinen Sadismus an ihr auslebte. Damit erklärt sich Betas schreckhafte, unsichere und zur Panik neigende Art und ihr praktisch nicht vorhandenes Selbstbewusstsein - was aber nichts daran ändert, dass sie von sich aus genug Mut fasste, um die gefährliche Flucht zu wagen.
Die Jagd auf Hephaestus
Nachdem Aloy die drei Subroutinen Aether, Demeter und Poseidon geborgen und auch neue Verbündete (wie beispielsweise den Tenakth-Marshall Kotallo) gefunden hat, ist Gaia bereit für die Konfrontation mit Hephaestus. Doch es gibt ein Problem: Diese Subroutine hat sich derart verändert, dass sie Aloys Alpha-Freigabe nicht akzeptieren wird. Nur die Omega-Freigabe, die Ted Faro einst insgeheim in Gaias Code installierte, wäre in der Lage, Hephaestus zu bezwingen. Außerdem ist Hephaestus so groß, dass er nicht in den Datenspeicher passt, den Aloy benutzt hat, um die drei anderen Subroutinen zu transportieren. Aloy muss daher Theben finden, Ted Faros persönlichen Endzeitbunker, und dessen Omega-Freigabe beschaffen. Derweil bereiten die Anderen alles vor, um Gaia zur Brutstätte Gemini zu bringen, der einzigen Brutstätte mit zwei Kernen, um dort Hephaestus einzufangen.
Thebens Geheimnisse
Unterstützung bei ihrer Suche nach Theben verspricht sich Aloy derweil von Alva, einer Wahrsagerin der Quen, die sie zuvor im Treibhaus bei der Jagd nach Demeter kennen gelernt hat. Denn alles deutet darauf hin, dass Theben im Bereich des alten San Francisco liegt, das als Insel der Türme bekannt ist. Dort angekommen wird Aloy mit der ihr unangenehmen Verehrung der Quen konfrontiert, die sie als "wiedergeborene Ahnin" sehen... und deren politischen Ränken in der Gestalt von Ceo, einem Spross der Quen-Kaiserfamilie, der sich als wahren Erben Ted Faros sieht und entschlossen ist, dessen "Essenz" in sich aufzunehmen, um tatsächlich zu Faro zu werden.
Tatsächlich haben die Quen Theben längst gefunden, aber bislang keinen Weg in den Bunker gefunden. Schon vor der Tür knirscht es gewaltig zwischen Aloy und Ceo, als die Nora-Jägerin immer mehr Gemeinsamkeiten zwischen Ceo und Faro entdeckt, von der Arroganz über den Größenwahn bis hin zur Skrupellosigkeit. Aloy schafft es schließlich, über ein gebrochenes Rohr im Geothermiekraftwerk des Bunkers Zugang zur Anlage zu erhalten und die Tür von innen zu öffnen. In den Tiefen des Bunkers stoßen sie an jeder Ecke auf Beweise für Faros Größenwahn und schließlich stellt sich heraus, was aus Faro geworden ist: In dem Wahn, die neuen Stämme "anleiten" zu wollen, experimentierte Faro mit medizinischer Lebensverlängerung, die ihn zu einem grotesken Gebilde mutieren ließ, das nun im zentralen Reaktor des Bunkers sitzt. Als Ceo dieses Gebilde von seinen Soldaten töten lässt, löst er damit die Selbstzerstörung Thebens aus, ein Ereignis, das nur Aloy und Alva überleben. Immerhin hat Aloy die Freigabe beschaffen können und kehrt, nun in offizieller Begleitung Alvas, zur Basis zurück.
Gemini
Ausgerüstet mit allem, was sie benötigen, sind Aloy und ihre Mitstreiter nun bereit für die Mission in der Brutstätte Gemini. Doch Beta weigert sich plötzlich aus Angst davor, von den Zenithern wieder eingefangen zu werden, die Mission zu unterstützen - woraufhin es zwischen den beiden Zwillingsschwestern ordentlich knallt. Am Ende des Streits erkennt Aloy, dass Beta sich ständig mit ihr vergleicht und sich so selbst herunter zieht, weil sie nicht versteht, warum sie so unterschiedlich sind und sich selbst als "kaputt" betrachtet. Aloy entdeckt auch den entscheidenden Unterschied: ihr eigener Ziehvater, Rost, der sie anleitete und ihr Halt gab, während Beta ganz allein war. Indem sie das erkennt, kann sie wiederum Beta genug Halt geben, so dass diese sich überwindet und Aloy begleitet.
In Gemini erwartet Aloy ein äußerst brutaler Kampf: Hephaestus ist nicht gewillt, klein bei zu geben und flüchtet nach einer ersten Konfrontation in die Tiefen der Anlage, während er Welle auf Welle immer gefährlicherer Maschinen ausschickt. Während Beta den Kern repariert und Varl sie verteidigt, kämpft sich Aloy durch die Anlage, um Hephaestus zurück in den Kern zu zwingen, wobei ihr Hephaestus alles entgegen schickt, was ihm zur Verfügung steht, bis hin zu einem ausgewachsenen Spitzen-Schlachtrücken. Doch schließlich gelingt es, Hephaestus in den Kern zurück zu zwingen und mit der Verschmelzung zu beginnen.
Dem Triumph folgt die Katastrophe: Die Zenither haben das Netzwerk überwacht und greifen überraschend an. Beim Versuch, Beta zu verteidigen, wird Varl von Eric Visser getötet, Aloy selbst muss hilflos zusehen, wie Varl stirbt und Beta gekidnappt wird. Doch die Ereignisse nehmen eine unerwartete Wendung, als Tilda van der Meer sich plötzlich gegen die Zenither wendet und Aloy rettet, indem sie alle Anwesenden sensorisch blendet und Aloy aus der Brutstätte bringt.
Tildas Offenbarung
Aloy, vom Kampf gegen die Zenither schwer mitgenommen, erwacht schließlich an einem ihr unbekannten Ort aus der Zeit der Alten. Über Fokus-Kommunikation fordert Tilda sie auf, sie "oben" zu treffen... oder aber noch etwas Zeit mit den in dem Schutzraum bewahrten Kunstwerken aus der Zeit der Alten zu verbringen. Wie sich heraus stellt, gehört der Bunker zu Tildas ehemaligem Anwesen, das sie vor der Flucht mit der Odyssey bewohnte. Sie klärt Aloy über die Natur der Zenither auf, über deren Arroganz, Überheblichkeit, Unmenschlichkeit. Auf die Frage, warum sie selbst die Seiten wechselte, präsentiert Tilda Aloys alten Fokus, den diese in Lantopolis zerschmetterte. Indem sie ihn reparierte, war sie in der Lage, auf Aloys gesamtes Leben zurück zu blicken und darin Erstaunliches zu sehen - ebenso wie die totale Stagnation und den moralischen Ruin der Zenither zu erkennen, die ihrer Ansicht nach in 1000 Jahren nicht das erreichten, was Aloy in nicht einmal 20 schaffte. Sie sieht in Aloy eine perfekte Reinkarnation von Elisabet Sobeck, die sie persönlich kannte, und die Möglichkeit, Fehler der Vergangenheit wieder gut zu machen.
Sie klärt Aloy auch über Sylens Pläne auf - dieser plant einen Angriff auf die schwer gesicherte Zenither-Basis, wobei er die Tenakth als Kanonenfutter benutzen will, um selbst die Kontrolle über das Shuttle zu erlangen, womit die Odyssey und deren Kopie des Apollo-Archivs in Reichweite lägen. Tilda will ihm zuvor kommen und mit Aloys Hilfe die anderen Zenither ausschalten, Beta und Gaia befreien und Sylens den Zugriff auf das Archiv verwehren.
Konfrontiert mit der Aussicht auf unzählige Tote und die Auslöschung eines ganzen Stammes entwickelt Aloy jedoch ihren eigenen Plan. Über Tildas geheimen Kanal nimmt sie Kontakt mit Beta auf und erklärt dieser, dass sie kommen und sie befreien werde und Beta sich bereit halten soll, von innen heraus tätig zu werden. Im Anschluss macht sie sich auf, die Tenakth zu retten, indem sie Regallas Rebellion zum Scheitern bringen will. Tilda gibt ihr daraufhin den Rat, die Waffen der Horus-Titanen zu nutzen - diese verfügen noch über EMP-Geschosse, mit denen sich Regallas Maschinenarmee abschalten ließe.
Die Flügel der Zehn
Um Regallas Truppen auszuschalten, greift Aloy zu drastischen Mitteln: Sie nutzt die in Gemini gefundene Überbrückung für Sonnenflügel, um eine dieser Flugmaschinen zu kontrollieren, anschließend aktiviert sie tatsächlich die EMP-Waffen der Titanen und fliegt am Gedenkhain den ersten Luftangriff seit Menschengedenken auf die bereits im Kampf mit Hekarros Loyalisten stehenden Rebellen. Damit schaltet sie wie erhofft Regallas Maschinen aus und drängt die Rebellenführerin von einem Moment zum Nächsten in die Ecke. Um den Bürgerkrieg zu beenden, fordert sie Regalla im Anschluss zum Zweikampf, in dem sie die Tenakth nach hartem Kampf besiegen kann. Das Leben ihrer Widersacherin liegt nun in Aloys Hand - sie kann Regalla direkt töten... oder ihr einen ehrenvolleren Tod im Kampf gegen die Zenither anbieten.
Kurz nach Regallas Niederlage nimmt der sichtlich verärgerte Sylens Kontakt mit Aloy auf - hat aber nun keine andere Wahl mehr, als sich mit ihr zu treffen und sich ihr anzuschließen. Denn Aloy ist nun die Einzige, die noch eine reelle Chance hat, die Zenither zu besiegen. Aloy versammelt daraufhin alle ihre Mitstreiter - Zo, Erend, Alva, Kotallo, Tilda, dazu (ja nach getroffener Entscheidung) Regalla und nun Sylens - in der Basis, um den finalen Angriff zu planen.
Synergie
Der finale Angriff auf die Zenither beginnt mit der Infiltration der Basis durch einen alten Nottunnel, den Tilda in den Ruinen der alten Militärbasis entdeckte, auf der die Zenither ihre Anlage errichtet haben. Während Kotallo und Alva eine kritische Komponente der Basis ausschalten, bahnen sich Aloy und die Anderen ihren Weg vorbei an mehreren Phantomen, die sie entweder offen bekämpfen oder umgehen können. Schließlich aber wird ihre Anwesenheit bemerkt und die Zenither entsenden Dutzende Kampfdrohnen... die sich plötzlich einer Armee von schweren Kampfmaschinen gegenüber sehen. Beta hat auf Aloys Signal hin Hephaestus in die Druckermatrix der Basis entlassen, der nun im Sekundentakt Donnerkiefer und Schlachtrücken herstellt, die sofort das Feuer auf die Phantome eröffnen. Derart aufgeschreckt, begeben sich die Zenither persönlich zum Schlachtfeld, sich nach wie vor überlegen und unverwundbar wähnend. Eine trügerische Position, wie sich kurz darauf durch den erfolgreichen Einsatz von Slyens Anti-Schild-Waffe zeigt, wodurch die Zenither plötzlich schutzlos sind... und sich am spitzen Ende der rasenden Maschinen wiederfinden. Nur Eric Visser und Gerard Bieri überleben den Maschinenangriff, während Gerard zurück zum Turm flieht, von Tilda verfolgt, trachtet Erik nun danach, Aloy endgültig zu erledigen. Beim resultierenden Zweikampf schafft es Aloy, ihren Gegner zu bezwingen, dieser wird von Zo getötet, wobei die Utaru es so einrichtet, dass es nicht schnell geht und Visser offenbar große Schmerzen verspürt. Sie nimmt damit Rache für den Mord an Varl.
Im Anschluss erklimmt Aloy die Struktur, auf der die Zenither-Basis errichtet ist und erreicht eine Art offenen Konferenzraum gerade rechtzeitig, um Beta zu befreien. Währenddessen hat Alva in den Datenbanken der Zenither Hinweise auf eine mysteriöse, von den Zenithern gefürchtete Macht entdeckt: Nemesis. Mit Beta durchsucht Aloy nun selbst die Datenbanken und entdeckt, dass die Zenither tatsächlich nicht vorhatten, auf der Erde zu bleiben, sondern nur Zwischenstation machten, um sich Gaia zu beschaffen. Augenblicke später werden Aloy und Beta Zeugen, wie Tilda kurzen Prozess mit Gerard macht. Mit seinem Tod sind die Zenither besiegt und Aloy kann den Datenkern mit Gaia und allen geborgenen Subroutinen sichern.
Zur Rede gestellt klärt Tilda die beiden Frauen darüber auf, was es mit Nemesis auf sich hat - einst ein gescheitertes Experiment der Zenither zur "digitalen Transzendenz" hat diese Ansammlung von digitalen Persönlichkeiten ein eigenes Bewusstsein entwickelt und rasend vor Wut über die jahrelange Gefangenschaft in den Datenspeichern der Zenither die Sirius-Kolonie vernichtet. Nemesis sandte auch das Auslöschungssignal, das Hades erweckte, um den letzten Überlebenden der Kolonie eine neue Heimat zu verwehren und befindet sich nun nach einer unerbittlichen Verfolgung der Odyssey im Anflug auf die Erde. Die Zenither waren auf der Flucht und Tilda, davon überzeugt, dass Nemesis nicht zu stoppen ist, will diese Flucht fortsetzen... und Aloy mitnehmen. Es wird deutlich, dass Tilda und Elisabeth einst eine, letztlich gescheiterte Beziehung führten und Tilda es zutiefst bereut, Elisabeth zurückgelassen zu haben... allerdings aus egoistischen Motiven. Auch ihre Kontakte zu Beta entstanden aus dem Wunsch, diese Beziehung wiederzubeleben, allerdings war Beta in Tildas Augen letztlich nur eine "billige Kopie". Als Aloy sich weigert, den Planeten und alle Menschen darauf im Stich zu lassen, versucht Tilda, sie zu zwingen - es kommt zum Kampf, an dessen Ende Tilda durch die Explosion ihrer experimentellen Kampfrüstung getötet wird.
Als Sylens hinzukommt, stellt sich heraus, dass er durch Hades von Nemesis wusste und ebenfalls beabsichtigt, mit der Odyssey zu fliehen. Er lädt Aloy höflich ein, ihn zu begleiten. Begründen tut er dies damit, dass Elisabet Sobeck das Shuttle sofort besteigen würde, um die Hoffnung auf etwas Neues zu bewahren, indem sie das Alte opfert. Aloy lehnt jedoch ab und wünscht Sylens alles Gute für die Reise. Während sich dieser zum Shuttle begibt, kommen Aloys verbliebene Mitstreiter hinzu und Beta fällt Aloy überschwänglich um den Hals. Sylens, der dies von der Plattform aus beobachtet, entscheidet sich daraufhin um und entgegnet Aloy auf deren Feststellung, dass er bleibe, es wäre "für den Augenblick" und dass Aloy "alle Hilfe nötig hätte, die sie kriegen könne".
Im Anschluss kehren Aloy, Beta und Sylens zunächst in die Basis zurück, um (die nun fast komplette) Gaia zu reinstallieren, während Erend, Kotallo, Zo und Alva sich bereits aufmachen, um ihre jeweiligen Stämme vor Nemesis zu warnen und um Unterstützung zu werben.
Die Handlung von Horizon Forbidden West endet mit zwei sich abzeichnenden Herausforderungen: Der erneute Versuch, die letzte verbliebene Subroutine Hephaestus einzufangen, und der Kampf gegen Nemesis.
DLC Die brennenden Küsten
Nach dem Sieg über die Zenither macht sich Sylens daran, die Datenbanken der Zenither zu durchforsten. Dabei entdeckt er Informationen, die besagen, dass ein weiterer Zenither namens Walter Londra mit den Anderen auf die Erde kam, sich allerdings von diesen lossagte und sich nach Süden abgesetzt hat, zu einer Region, die als die Brennenden Küsten bekannt ist. Da Londra in jedem Fall eine erhebliche Bedrohung darstellt, begibt sich Aloy ebenfalls dorthin, um heraus zu finden, was Londra vorhat und gegebenenfalls zu stoppen.
An der brennenden Küste, dem ehemaligen Los Angeles, angekommen, wird Aloy beinahe von einer von Londra installierten Abwehrwaffe abgeschossen und überlebt nur knapp. Sie wird von der Quen Seyka gefunden, einer Angehörigen der "Verlorenen Flotte" der Quen, welche bei der Überquerung des Pazifiks von der Hauptflotte getrennt wurde und an den brennenden Küsten strandete. Von Seyka erfährt Aloy, dass Angehörige der Flotte verschwunden sind, darunter Seykas Schwester, und zusammen machen sie sich auf, das Rätsel zu lösen, da es offenbar mit Londra zu tun hat.
Die beiden Frauen finden schließlich heraus, dass der extrem narzisstische Londra einen Personenkult um sich errichtet hat, indem er die verschwundenen Quen einer Gehirnwäsche unterzogen hat, die sie dazu bringt, nur noch um ihn zu kreisen, ihm jeden Wunsch zu erfüllen, ihm permanent zu schmeicheln und ihn praktisch ununterbrochen anzuhimmeln. Da Londra von Nemesis weiß, plant er ebenfalls, den Planeten zu verlassen und dabei eine ausgewählte Schar an ihn verehrenden Anhängern mitzunehmen, um eine neue Kolonie zu errichten, bevölkert von ihn bedingungslos als Gott anbetenden Gefolgsleuten. Dazu nutzt er die Druckermatrix eines über dem Hollywood-Schriftzuges liegenden Horus-Titanen, um in dem Bunker darunter ein Raumschiff mit einem vor 1000 Jahren entwickelten, experimentellen Nuklearantrieb zu drucken. Doch der Start dieses Raumschiffes würde ein riesiges Gebiet radioaktiv verstrahlen und alle Menschen in dem betroffenen Gebiet töten, ein Umstand, der Londra völlig egal ist, denn für ihn zählt nur sein eigenes Überleben - und die betroffenen Menschen sind ja einerseits nicht seine ihm hörigen Groupies und müssen andererseits ja sowieso sterben, wenn Nemesis eintrifft.
Aloy und Seyka kämpfen nun einen Kampf gegen die Zeit, denn das Raumschiff ist fast fertig und Londra hat die finale Phase bereits eingeleitet. Es gelingt ihnen, Londras Kult zu zerschlagen, woraufhin Londra in den Horus flieht, um das Raumschiff fertig zu stellen. Die beiden Frauen kämpfen sich zum Horus durch und es gelingt ihnen, die Kühlwasserversorgung der Maschine zu unterbrechen und damit deren Temperatur in den roten Bereich zu bringen. Daraufhin aktiviert Londra den Horus, um seine Widersacherinnen zu töten, allerdings überhitzt die schwer beschädigte Maschine in kurzen Abständen und funktioniert nicht zuverlässig. Gezwungenermaßen steuert Londra den Horus Richtung Bucht, um ihn im Meerwasser abzukühlen. Während Seyka nun in der Luft auf einem Wasserflügel Londra ablenkt, zerstört Aloy am Boden nacheinander die Notkühl-Wärmespeicher der Maschine, die dadurch immer mehr und schneller überhitzt. Als der Horus im flachen Gewässer liegen bleibt, kann Aloy in den Horus eindringen und Londra schließlich im Nahkampf besiegen, der durch eine elektrische Rückkopplung stirbt, als Aloy seine Verbindung zum Horus kappt. Der nun steuerlose Horus bleibt brennend am Strand liegen, Aloy entkommt mit Seykas Hilfe den Flammen.
Im Anschluss kehrt Aloy in den Verbotenen Westen zurück, während Seyka und die Verlorene Flotte dank Aloys Informationen den Kontakt zur Hauptflotte wiederherstellen können.